La tercera temporada consta de 13 episodios y es la continuación del final de la segunda temporada, donde la mayor parte de los personajes principales terminan en Panamá. Lincoln es exonerado de sus presuntos crímenes, mientras Michael es encarcelado por cargos de homicidio en la Penitenciaría Federal de Sona, junto con Mahone, T-Bag y Bellick. Michael se ve obligado a escapar de prisión nuevamente, coaccionado por La Compañía para que se fugue y entregue a James Whistler, a cambio de la liberación de LJ y Sara.

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Episodio 02
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Episodio 03
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Episodio 04
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Episodio 05
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Episodio 06
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Episodio 07
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Episodio 08
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Episodio 09
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Episodio 10
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Episodio 11
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Episodio 12
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Episodio 13
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La tercera temporada comienza momentos después del tiroteo, cuando es revelada la identidad del asesino de Nathan y se dan a conocer las razones por las cuales la conferencia fue interrumpida. Peter y Matt estarán inmersos en un escenario inesperado. Con los poderes parcialmente recuperados, Sylar decide visitar a Claire. Mientras tanto, en Tokio, Hiro y Ando tienen que salvaguardar un secreto que puede dividir el planeta. En Nueva York, gracias a Maya, Suresh hace una conexión que puede cambiar el mundo (o simplemente destruirlo). ¿Quién es Tracy Strauss?

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